Đầu tiên có vợ chồng cư sĩ tên Lý Thoại Long xây cất một cái am vào năm 1744. Vị cư sĩ có tên riêng là Cẩm, chuyên nghề đan đệm bán nên người địa phương gọi là ông Cẩm Đệm. Năm 1772 hòa thượng Viên Quang tới trụ trì, từ đó mới đổi tên chùa là Giác Lâm.
Chùa đã được trùng tu 3 lần. Hòa thượng Viên Quang cho xây lại chùa lần thứ nhất vào khoảng năm 1799–1804. Đến năm 1906–1909 hòa thượng Trần Như Phòng, pháp hiệu Hoằng Nghĩa và đệ tử là Phạm Văn Tiên, pháp danh Thạnh Đạo, tự Hồng Hưng đã tôn tạo lại ngôi chùa một lần nữa. Các sự kiện này được ghi lại trong đôi liễn mừng lạc thành, nay còn treo trong chánh điện. Đầu năm 1999 chùa hoàn thành đợt trùng tu lần thứ ba.
Trong chùa có bài vị của hai Thiền sư là Minh Vi Mật Hạnh và Minh Khiêm Hoằng Ân. Nơi khuôn viên chùa có tháp Tổ Linh Nhạc-Phật Ý và một cây bồ đề trồng ngay cổng chùa của một vị tăng Tích Lan tiếng cúng.
